const btnCancelar = document.querySelector("#btn");
const alerta = (msg) => alert(msg);
timeoutID = setTimeout(
  alerta,
  2000,
  "Mensagem na caixa de alerta\ndepois de 2s do carregamento da página"
);
btnCancelar.addEventListener("click", () => clearTimeout(timeoutID));

<button type="button" id="btn">Cancelar o alerta</button>

1. Decorridos 2s depois de abrir ou recarregar a página, vai aparecer uma caixa de alerta.
2. Feche a caixa de alerta, recarregue a página e aguarde 2s para visualizá-la novamente.
3. Repita o passo anterior, mas agora cancele a visualização, clicando o botão antes de decorridos os 2s.

Cancelar o alerta