close()
<script type="text/javascript">
function abreJanela() {
novaJanela = window.open('http://google.com.br','','width=200,height=200');
}
function fechaJanela() {
novaJanela.close();
}
<script>
... <button onclick="abreJanela()">Abre janela</button> <button onclick="fechaJanela()">Fecha janela</button> ...